Comment les bactéries nous aident-elles à développer notre immunité ?

Ils participent au développement de notre système immunitaire et nous protègent des maladies. Il est donc impossible de vivre sans eux !

Nous sommes des « êtres microbiens ». Bactéries, levures, virus… Des milliards peuplent notre peau, nos voies respiratoires ou notre tube digestif. Nous leur offrons le logement et la nourriture et ils nous rendent en retour de précieux services. A propos de la digestion, d’abord, mais pas seulement. Ils nous aident également à renforcer notre immunité et à nous protéger des maladies. Et dès le plus jeune âge.

Les bactéries nous colonisent dès la naissance

Au début de la vie, le fœtus est niché dans un environnement presque stérile. Mais une fois qu’elle a accouché, elle plonge dans un bain de microbes. Le bébé voyage naturellement dans le vagin : “Lorsque la mère mange des sécrétions lors de l’accouchement, les bactéries vaginales et intestinales de sa mère sont les premières à coloniser son intestin”, explique Stéphane Hazebrouck, chercheur en immunoallergie alimentaire (CEA, Inrae, Université Paris-Saclay). Très vite, cette population s’est ouverte à de nouveaux habitants. Les micro-organismes de l’environnement, de la peau des parents et des aliments colonisent les surfaces corporelles – en particulier l’intestin, l’organe où la vie microbienne est la plus abondante. Chez les enfants nés par césarienne, la colonisation commence différemment, avec des bactéries provenant de la peau de la mère.

L’alimentation : un important pourvoyeur de bactéries

L’alimentation, notamment le lait maternel, joue un rôle crucial dans cette colonisation. Contient des bactéries intestinales de la mère. Selon une étude américaine de 2017, cela représente près de 28% des nouveau-nés durant le premier mois de vie. De plus, cette boisson riche en oligosaccharides (sucre composé) favorise la croissance de bactéries bénéfiques comme les lactobacilles et les bifidobactéries. Les bébés nourris au lait artificiel ont également moins de bifidobactéries. A l’âge de la diversification, vers 4-6 mois, d’autres s’installent, comme Clostridium, il aime les fibres de fruits et légumes. Conséquence : le microbiote se diversifie et s’épaissit jusqu’à atteindre un état stable en 2-3 ans environ. Chez les enfants nés par césarienne, les différences peuvent persister jusqu’à l’âge de 2 ans, notamment la moindre présence de bactéroïdes par rapport aux enfants nés par voie basse.

A chacun son microbiote

Une fois le microbiote stabilisé, sa composition évolue peu au cours de sa vie. Depuis une vingtaine d’années, les scientifiques ont une vision plus précise grâce à la métagénomique. Cette technique de séquençage de l’ADN permet de générer des catalogues de gènes microbiens et donc de bactéries à partir d’échantillons de selles. Selon leurs estimations, chacun de nous héberge en moyenne 300 espèces dont la plus commune appartient à deux familles : les Firicutes (Clostridiumlactobacilles…) et bactéroïdités (Bacteroides). “Seules une vingtaine d’entre elles sont communes à tous les individus, mais elles sont numériquement significatives”, précise Joël Doré, chercheur à l’Institut Micalis (Université Paris-Saclay, Inrae, AgroParisTech) et directeur scientifique de MetaGenoPolis. Une grande partie des bactéries plus rares qui donnent au microbiote une signature personnelle subsistent. Quelque chose comme une empreinte digitale. Les chercheurs ont identifié quatre profils différents de cette flore, appelés “entérotypes”, définis par le nombre de certaines espèces de bactéries et leur diversité (microbiote riche ou pauvre). Les chercheurs tentent désormais de mieux comprendre les relations entre ces microbes, entre eux et avec leur hôte.

Éducateur de notre système immunitaire

Le microbiote intestinal semble jouer un rôle dans l’immunité dès le plus jeune âge. Des expériences sur des souris axéniques (conservées dans un environnement stérile et donc exemptes de pathogènes) montrent que le développement immunitaire est anormal. Au contact des bactéries intestinales, les cellules de notre système immunitaire apprennent à distinguer les bactéries commensales (hôtes bénéfiques) des indésirables, c’est-à-dire à tolérer la présence des premières et à attaquer les secondes. “Cet apprentissage se fait principalement dans le gros intestin, là où vit la plus forte densité bactérienne”, souligne Stéphane Hazebrouck. Cela commence avec la naissance et les premiers mois sont cruciaux. Les scientifiques n’ont pas encore décrypté tous les mécanismes impliqués, mais plusieurs types de cellules immunitaires sont impliquées.

Effet barrière et première défense

Le rôle du microbiote dans l’immunité ne s’arrête pas là. Il empêche également les agents pathogènes potentiels de se développer et de s’approcher de la barrière intestinale. Comment ? D’abord, sa simple présence. Alors que différentes espèces se disputent la nourriture, les bonnes bactéries (la plupart) occupent le terrain aux dépens des indésirables. Certaines souches, par ex. Escherichia coli (E. coli)ils vont encore plus loin : ils sont capables de produire des molécules bactéricides. De plus, le microbiote contribue à renforcer la barrière intestinale. La paroi externe de l’intestin est constituée de cellules appelées « entérocytes », qui sont presque imperméables aux agents pathogènes : université. Ces acides gras sont également capables de réguler l’inflammation.

Attention aux déséquilibres

La symbiose entre l’homme et ses microbes repose sur un équilibre délicat, perturbé par l’évolution de notre mode de vie. Les premiers coupables sont la nourriture et les drogues. La microflore se rétablit rapidement après un seul traitement antibiotique, mais est susceptible de se détériorer sur une longue période lorsque le traitement est répété, en particulier dans l’enfance. Lorsque les antibiotiques sont à large spectre, ils ciblent un large éventail de bactéries, nocives ou non, qui peuvent perturber l’équilibre microbien. Les antiacides, les antidépresseurs et les régulateurs de transit ont également des effets négatifs.

Dans nos assiettes, le principal coupable est le manque de fibres dont les bactéries raffolent. Faute de nourriture, certaines souches se raréfient et leur absence ouvre la voie aux pathogènes. D’autres consomment des composants du mucus, une substance visqueuse qui protège la paroi intestinale, ce qui la fragilise. Les graisses jouent également un rôle : une alimentation riche en graisses favoriserait la multiplication de bactéries dangereuses, pouvant notamment provoquer des inflammations.

“La malbouffe occidentale avec un manque de fibres et un excès de sucres, de graisses et d’aliments ultra-transformés cumule des effets néfastes directs et indirects sur le microbiote”, conclut Joël Doré. Au cours des dernières années, il y a eu de plus en plus de preuves contre deux émulsifiants courants, le polysorbate 80 (E433) et la carboxyméthylcellulose (E466). L’équipe du chercheur Benoît Chassaing (Inserm, Institut Cochin) a notamment montré que la consommation d’E466 fait perdre au microbiote une partie de ses bactéries bénéfiques. Pire, ces ingrédients peuvent favoriser les maladies inflammatoires chroniques. Bref, lorsque la microflore perd son équilibre, tout l’organisme tremble.